Dans la saison 3, elle tient toujours autant à Stefan,
malgré le fait qu'il soit redevenu comme autrefois : un
vampire sanguinaire, le Boucher, et elle fera tout pour
l'aider à se libérer de Klaus, qui l'oblige à commettre
des atrocités pour le servir. Elle commence alors à se
rapprocher de Damon, à éprouver des sentiments
envers ce dernier, jusqu'à échanger un baiser avec lui
à la fin de l'épisode 10. Peu après, Stefan reviendra
pour surveiller Elena et petit à petit retrouver son humanité
et son amour pour Elena, plus que passionnel. Mais voulant
sa total liberté et sauvant par la suite son frère, Stefan épargnera
Klaus à plusieurs reprises.