Dès le début de la saison 2, Bonnie sera toujours présente
pour aidé ses amis. Elle demande même à Damon de guérir
[Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] avec son sang. Elle est la quatrième personne après Damon, Stefan et Elena à découvrir le fait que Katherine est
de retour à Mystic Falls, et se fait attaquer par elle, mais est
sauvée in extremis par Stefan. Elle est par la suite choquée
lorsque [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] transforme Caroline en vampire. Lorsque celle-ci tue [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] , elle lui en veut beaucoup et s'éloigne d'elle, dégoûtée de voir ce que son amie est devenue. Elle décide
cependant de lui pardonner, devant les efforts qu'elle essaye
de faire. Elle est ensuite appelée par Stefan après l'accident
de Jenna et celui-ci lui demande de rejoindre le groupe constitué
décidé de tuer [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]. Croyant qu'après tout, tout redeviendra normal après que Katherine soie morte, elle jette un sort de
blocage sur une pièce du Manoir Lockwood afin d'enfermer
Katherine et utilise un sort pour empêcher la douleur lorsque Elena
est blessée par Katherine. Elle fait ensuite confiance à Lucy, la
sorcière de Katherine, qui s'avère être sa cousine, qui décide de
les aider à mettre la vampire hors d'état de nuire.
Suite à cela, Bonnie se rapproche de Jérémy et tombera bientôt
amoureuse de lui, mais préfère ne pas s'engager, à cause de
son amitié avec Elena. Elle fait alors la rencontre de [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] , avec qui elle va commencer une relation amicale, jusqu'à ce
qu'elle apprenne que lui et [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] travaillent avec [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] . Elle utilise alors un sortilège afin de lire les pensées de Luka et comprend
non seulement que Luka et son père sont à la recherche d'une personne
qui a été enlevé par Klaus, mais aussi que Elena devra mourir pour que
Klaus meurt. Pour cela, [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] lui prend ses pouvoirs, qu'elle ne récupérera qu'après la mort de ce dernier, en même temps qu'une
information à propos d'un lieu où des sorcières, parmi lesquelles
son ancêtre, [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] . Elle réussi à retrouver l'endroit et canalise les pouvoirs d'une centaine de sorcières, détenant ainsi
d'énormes pouvoirs. C'est aussi à ce moment-là qu'elle accepte de
sortir avec Jérémy et révèle les sentiments qu'elle lui porte à
Elena, qui l'accepte.
Ils seront alors confronté à [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], l'un des tous premier vampires, et c'est dans le but de le tuer qu'elle décide de se sacrifier en
utilisant tous les pouvoirs récoltés. Après avoir été confrontée à
Klaus (qui était dans le corps d'Alaric), elle se sacrifie ce qui laisse
penser qu'elle est morte, mais il est révélé dans le même épisode
que la sorcière, sachant que Klaus la voulait voir morte, décida de
jeter un sort sur son propre corps pour être protégé et revenir bien
vivante.
Elle reste ensuite cachée jusqu'au retour de [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] qui lui demande de trouver une solution pour empêcher la transformation
d'Elena en vampire. De ce fait, elle utilise un sortilège utilisée
autrefois par Emily Bennett afin de lier un parent à son enfant par
la magie. L'enfant aspire lentement la vie de son parent afin de
"guérir". Elle utilise ensuite assez de pouvoir contre Klaus pour
l'affaiblir, mais celui ci fini par être sauvé par Elijah.
Par la suite, elle accompagne Stefan jusqu'au Manoir en Ruine
où [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] lui révèle que la seul personne qui serait capable de guérir une morsure de loup-garou, c'est Klaus. Elle utilise ensuite
ses pouvoirs afin de ramener Jérémy à la vie, malgré les indications
des sorcières mortes qui la préviennent qu'il y aurait de graves
conséquences. Elle décide alors de retourner dans sa famille pour l'été.