Bonnie a passé l'été chez son père, loin de Mystic
Falls et des problèmes du surnaturel. Cependant,
elle fini par revenir et continue de sortir avec Jérémy.
Mais elle apprend bien assez tôt, que ressuscité
Jérémy a eu de graves conséquences. En effet, celui-ci
peut voir ses deux ex-petites ami décédées, [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] et [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] . Elle empêche ensuite Matt de permettre à [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] de rester dans le monde des vivants. Mais l'ouverture laissée par
Vicky, permet à d'autres fantômes de se glisser dans le
[Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] ou encore sa propre grand-mère, [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] . Dans l'[Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] , Bonnie tente d'utiliser un sortilège pour faire apparaître la matière voilée (les fantômes). Cela à pour
conséquence de donner un corps physique aux fantômes.
Elle utilise ensuite avec sa grand-mère un sortilège pour
renvoyer les fantômes de l'Autre-Coté. Elle rompt également
avec Jérémy lorsqu'elle apprend qu'il a embrassé Anna.
Lorsque Stefan revient à lui, elle accède à sa demande et
décide de l'aider. Mais au fil des épisodes qui suivent, elle se
pose de plus en plus de questions. Dans l'[Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] de la saison 3, Bonnie ne sait pas si elle doit aider Elena, sa meilleure
amie, ou Stefan pour vaincre Klaus.
Elle fini ensuite par retrouver sa mère [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien], caché depuis longtemps non loin de Mystic Falls et privée de ses pouvoirs. Cette
dernière l'aidera alors à ouvrir le dernier cercueil de Klaus, libérant
de son sommeil de 1000 ans, [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] , la mère de Klaus. Cette dernière, dans le but de détruire ses enfants, demdandent aux deux
sorcières de l'aider à mettre en place un rituel qui aura pour but de
les transformer en êtres humains. Mais pour protéger Elena, menacée
par [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] , Damon transformera Abby en vampire. Sa mère finira par l'abandonner (encore une fois), ne supportant pas
d'être un poids pour sa fille. Bonnie, suite à la transformation de sa
mère, en voudra beaucoup à Elena de faire confiance à Damon.
Lorsque Jérémy est hypnotisé et envoyé à Boston, elle va lui dire au
revoir. Elle est ensuite menacée par Klaus qui lui ordonne de défaire
ce que sa mère a fait, sinon, il tuera Jérémy. Elle s’exécute, avant de
découvrir Damon, enchaîné chez les Mikaelson. Elle tenta alors de
recoller les morceaux, mais finira par se faire posséder par Esther,
et ira terminer la transition d'Alaric, le transformant en vampire original.
Elle demandera alors à sa mère de revenir dans l'[Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] pour l'aider à exécuter un sort de déshydratation prévu sur Alaric mais reporté sur
Klaus. Dans le dernier épisode de la troisième saison, Bonnie décide de
sauver Klaus en transférant son esprit dans le corps de [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien] afin d'empêcher la mort de ses amis et de sa mère. Elle commence donc
à pratiquer et à utiliser la [Vous devez être inscrit et connecté pour voir ce lien]. 
